Как всякий начинающий разработчик на Unity я начинал с Монодевелопера. Это вполне нормальная IDE. Пока ты переписываешь код с книги или видеоуроков. Но чуть дальше в дебри разработки - и его становится мало. Я разработчик со стажем, я успел поработать в несколльких языках программирования, и даже бесплатный Eclipse, как бы его не материли программеры - гораздо продвинутей (не говоря уже о платных продуктах Интеллиджа).
Поэтому я перешел на ВижлСтудио. И не жалею: программировать и отлаживать стало на порядок проще.
Да, кстати, почему я не перешел на него раньше: у меня при регистрации вываливалась ошибка: "SP324099: Could not complete the operation". На быструю руку я не нашел решения - поэтому забил. Но сейчас решил разобраться. Решение оказалось простое: у меня стоял Internet Explorer 8. VisualStudio, оказывается, не умеет работать со старыми версиями Эксплорера. Поставил IE10 (для Win7. Для Win8, говорят, надо ставить 11-й. Не проверял), перегрузил комп, переставил Вижл - всё заработало.
Ох уж эти оконники... =)